Когда я работал на CDP 2.1 по дос (в 90-х), то включал в биосе монохромный режим. Работать можно было часов по 10-12, не вставая, глаза почти не уставали. Может, конечно, здоровья было больше.
Возможно, это индивидуально. У меня по ощущениям глаза устают меньше, чем при работе с белым фоном. Судя по популярности черной темы, у большинства аналогично. В основном, это имеет смысл в редакторах кода.
Если не в редакторах, а в других приложениях, то тут действительно недостаточно просто покрасить в темные тона. Надо еще, видимо, и пиктограммки другие. Иначе все смотрится достаточно коряво. Я про это и написал, кларионовское IDE смотрится коряво по сравнению со стандартным видом. Но работать лично мне заметно комфортнее.
Виндовый интерфейс не очень коррелирует с темной темой. Тем не менее, в последней версии 1С8 киллер фича как раз темная тема. Мне она с виду не очень понравилась, так как некоторые кнопки те же самые, как в обычной теме, на черном фоне прямо режут глаз.
У себя в приложениях игрался с цветами, но в конце концов остался на обычных серых окошках. Единственное, списки и поля ввода у меня не белые, а white smoke (белый дым), который хорошо вписывается в интерфейс и меньше раздражает глаза.